En total crearon 18 misiones, estableciendo el verdadero monopolio del gobierno español cuyo titular originario era el Rey de España según cédula real de Carlos II (5 de febrero de 1697).

En 1767 fue expulsada la Compañía de Jesús de todos los dominios de la corona española. Las misiones de la Baja California quedaron en manos de los franciscanos, al frente de quien estaba Fray Junípero Serra, el fondo piadoso pasó a manos de los gobernadores de la península por disposición de Carlos III, la salida de los jesuitas provocó confusión, saqueos inseguridad y una etapa de empobrecimiento.

El 3 de febrero de 1768 los 16 jesuitas quienes mantenían las misiones californianas salieron expulsados sin dinero, sin alimentos llevando solo la ropa que tenían puesta, el legado del padre Kino y sus compañeros a la Península fue enorme, en medio de la soledad y la pobreza dejaron al futuro enormes aportaciones. Las entregas palaciegas surtieron efecto escuchadas por Carlos III quien ordenó la expulsión de los jesuitas de todos los reinos españoles sucediendo a estos los franciscanos las Californias.

Dos grandes figuras son fundamentales para la expansión española en las Californias, don José de Gálvez Fray Junípero Serra, baluartes para defender las tierras conquistadas en contra de potencias extranjeras, el gobierno español estudió la posibilidad una unión entre Rusia y España en contra de Inglaterra que ambicionaba la posición de los mares y la península, Fray Junípero Serra llegó a Loreto el 1° de abril de 1768.